Next Generation Sequencing Based Spatial Gene Expression Profiling Solution

Sook Lee
General Product Manager
1st PhileKorea

Kenny Choi
Senior Sales Specialist, Applied Genomics
Illumina

Talk Title: Morphology-driven High-plex Spatial Analysis of Tissue Microenvironments
Presented by Sook Lee

종양 미세 환경 (TME)에서 면역 구조의 공간적인 특성은(Spatial characterization) 면역 세포와 종양 세포의 연관 관계를 이해하는데 필수적인 요소입니다. 그러나, 제한된 샘플을 사용하여 high multiplexed 실험을 수행하는 것은 매우 어려운 것으로 알려져 있습니다. 이러한 부분을 해결하기 위해 나노스트링사는 단일 FFPE 조직 섹션의 개별적인 위치에서 최대 수백 개의 종양 및 면역 단백질을 동시에 분석하도록 설계된 Imaging/Tissue sampling 플랫폼을 개발하였으며 최근에는 high multiplexed 분석이 가능하도록 동일한 FFPE 조직에서 수천개의 전사체를 프로파일링 할 수 있는 NGS 기반의 RNA 검출 기법이 업데이트 되었습니다. 저희는 DSP (Digital Spatial Profiling)라는 이 새로운 기술을 사용하여, 분석하고자 하는 region의 종양 미세 환경에서 면역 상태에 대한 체계적인 정보를 얻을 수 있는 다양한 단백질과 RNA의 분석을 수행할 수 있습니다.

Talk Title: Enabling High Resolution Spatial Profiling with Next Generation Sequencing
Presented by Kenny Choi

지금까지 대부분의 유전자 발현 연구는 상대 정량 PCR, 마이크로어레이, 차세대 염기서열분석(NGS)과 같은 다양한 방법을 이용해 하나의 시료에서 얻은 다수의 세포로 구성된 대용량의 시료를 분석하는 방식으로 진행되어 왔습니다. 하나의 동일한 시료임에도 불구하고 이질성을 보이는 세포들의 단일 세포 전사체를 분석한 NGS 데이터의 양이 최근 들어 폭발적으로 증가하는 것이 관찰되었습니다. 공간적 전사체학(spatial transcriptomics)은 일반 조직학 슬라이드에서 조직 샘플의 특정 영역에 대한 유전자 발현 프로파일을 찾아낼 수 있도록 해주어 미시환경적 차이(micro-environmental difference)에 관한 통찰력을 제시합니다. 이러한 대용량, 고해상도 방법이 가능한 이유는 NGS가 고품질의 다운스트림 분석용 데이터를 제공하기 위해 다양한 최적화된 표준(gold standard) 염기서열분석 장비와 널리 알려진 염기서열분석 기법을 채택하고 있기 때문입니다. 오늘 저희는 여러분의 공간적 전사체학 실험 계획과 기기 선택에 유용한 지침을 제공하고 최신 염기서열 기술에 대한 정보를 공유하고자 합니다.

* This webinar is conducted in Korean language and hosted by Illumina in collaboration with NanoString Technologies.

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